Несмотря на тяготы, которые война возложила на страну, люди продолжали трудиться, с верой в окончание войны и победу над захватчиками.
До начала войны Санкт-Петербургский университет ГПС МЧС России носил название Ленинградский пожарный техникум НКВД СССР. А согласно приказу Народного Комиссара Внутренних Дел СССР от 26.06.1941 «О перестройке работы учебных заведений по подготовке кадров пожарной охраны на период военного времени» он переименован во Вторую пожарно-техническую школу ВПО НКВД СССР. Срок обучения был изменен на годичный, и учебное заведение становится военизированным, слушатели стали курсантами.
В апреле 1941 года учебные заведения органов НКВД СССР, в том числе и Ленинградский пожарный техникум, были переданы в подчинение Управлению учебными заведениями НКВД СССР.
В августе и сентябре 1941 года из наиболее подготовленных преподавателей и курсантов на базе учебно-пожарной части были созданы боевые расчеты, во главе которых стояли Г.Н. Рожков, Ф.Л. Логинов, Н.И. Пугаченок, В.П. Казьмин. Эти подразделения сразу приступили к боевой работе, приняли активное участие в тушении самых грозных пожаров блокадного города.
В связи с начавшейся блокадой города 20 сентября 1941 года школа была временно расформирована, состоялся досрочный выпуск курсантов. Но даже за столь короткий период существования личный состав школы принимал активное участие в тушении пожаров в городе, особо отличившись на пожарах на продовольственных складах им. А.Е. Бадаева, в Морском торговом порту, в госпитале на Суворовском проспекте, Пулковской обсерватории. Стоит особо отметить, что тушение этих пожаров проходило под постоянными обстрелами и бомбардировками. После расформирования школы большая часть курсантов и преподавателей школы вошла в состав знаменитой 20 стрелковой дивизии НКВД. Из них были сформированы два батальона, которые вместе с другими подразделениями дивизии участвовали в отчаянных боях в районе Невской Дубровки, где курсанты и преподаватели школы в составе дивизии совершили боевой подвиг.
В одном из ближайших пригородов на площади 20 гектар было организовано подсобное хозяйство. На участке имелись два жилых дома с хозяйственными постройками. Всё произведенное в подсобном хозяйстве - овощи, птица и свинина - направляли в столовую пожарно-технической школы №2 (далее - ПТШ №2). Столовая в свою очередь, обслуживала не только сотрудников ПТШ №2, но и всех офицеров штаба 42 армии, который находился недалеко от школы.
Во время войны здание ПТШ №2 пострадало от артобстрела – было разрушено деревянное перекрытие главного корпуса, уничтожено оборудование учебных классов. Поэтому курсантам и профессорско-преподавательскому составу приходилось сочетать теоретическую учебу с восстановительными работами главного корпуса, учебной пожарной части, лабораторий и мастерских, водопровода, систем отопления и электропитания школы. На восстановительных, ремонтных и хозяйственных работах было занято от 60 до 70 человек личного состава школы и бойцов Управления пожарной охраны Ленинграда.
В сентябре 1941 года курсанты и преподаватели учебного заведения вошли в состав 20 стрелковой дивизии НКВД, особо отличившейся на Невском пятачке.
В мае 1944 года, после полного снятия блокады, занятия в пожарно-технической школе были возобновлены. Начальником школы был назначен С.Л. Голубев. Самое активное участие личный состав школы принимал в восстановлении Ленинграда. Между организациями и предприятиями были распределены наряды на необходимые работы по восстановлению и уборке города. Так в апреле 1944 года в ПТШ № 2 был направлен наряд о проведении с 1 мая по 26 июня работ по разбору баррикад и завалов жилого дома после артобстрела. За активное участие в восстановительных работах получили различные виды поощрений и наград около 300 курсантов и сотрудников школы.
Штатная численность школы осталась такой же, какой была установлена на военный период для одногодичного срока обучения. Было сформировано 10 учебных групп – 7 групп командного отделения и 3 группы профилактического отделения, всего на обучение было принято 304 человека, из них более 170 женщин. Из УПО Ленинграда для учебной пожарной части было получено 5 автонасосов, для проведения занятий было подготовлено 9 учебных кабинетов.
В годы войны пожарная охрана города вошла состав местной противовоздушной обороны. Объединение функций по защите населения, организации борьбы с пожарами и ликвидации последствий бомбардировок стали прообразом современного МЧС России. Также на курсантов и преподавателей школы были возложены работы по созданию Парка Победы на Московском проспекте, закладка которого была приостановлена в связи с началом войны.
После трудных военных лет институт постепенно начинал расширять сферу деятельности, укрепляется его материально-техническая база. В последующие годы создаются новые специальности.