Отделение по защите государственной тайны является структурным подразделением университета, осуществляющим обеспечение защиты государственной тайны.
В своей деятельности отделение руководствуется Конституцией Российской Федерации, законодательными и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, нормативными правовыми актами МЧС России, Уставом университета, приказами университета и распоряжениями начальника университета, локальными правовыми актами университета(положениями, инструкциями и т.п.).